办理营业执照太难了

我在2018年底要租宝山道688号2号楼一处做餐饮经营，办理营业执照时，市场监管局工作人员说，领导说此地不能办理相关证件，原因是涉嫌违法建筑。我说对方有房产证，怎么是违法建筑?工作人员说需要规划部门出具房产证明后方可办理。因为现场不是原建筑，有加盖，所以我们就视为整体涉嫌违建，不能办理。

后来我又咨询市规划局，工作人员说，违建不违建不是我们说了算，只要有房产证，就是合法的。也不会给任何部门开具证明，因为有房产证，这就是最大的证明。

办照同时，我已经跟房东签完合同，交押金，交了半年租金，现在不能办证，致使我不能合法经营，现在也没理由退租，给我造成很大的经济损失和时间损失。

请问贵单位，怎么才能合法办证?不能办证能否给个书面意见?