标题：违约金能退回来吗

我家女儿今年是今年应届毕业生，于今年1月与天津胸科医院签订了一份三方协议，并交纳了一万元违约金，孩子在3月得知考上天津医科大学研究生后，及时通知了医院要继续申造，院方让写了一份违约声明，并扣除了一万块钱，这才把三方协议要回来，医院并没在三方协议上盖章，他们的做法算是合法吗，哪院方扣除的违约金是否是霸王条约，那一万块钱何时能退回来。